Okulumuz, 1989–1990 Eğitim- Öğretim yılında TCDD Tülomsaş Genel Müdürlüğü’ne ait Osmangazi Mahallesi’ndeki binada “ESKİŞEHİR FEN LİSESİ” adı ile eğitim-öğretime başlamıştır. Okulumuzun adı İl Danışma Kurulu’nun 24.04.1989 tarih ve 39 sayılı kararı ve MEB Ortaöğretim Genel Müdürlüğü’nün 11.09.1989 tarih ve 89/4571 sayılı onayı ile “FATİH FEN LİSESİ” olarak değiştirilmiştir. 1995–1996 Eğitim-Öğretim yılı sonuna kadar yedi yıl bu binada hizmet veren okulumuz, 21 Temmuz 1996 tarihinde Yenikent Mahallesi’nde yapımı tamamlanan şimdiki binasına taşınmıştır.
Fatih Fen Lisesi, 13.775 m2’lik bir alanda kurulmuştur. Bu alanda 21 derslik, 216 öğrenci kapasiteli pansiyon, konferans salonu, 10 dairelik lojman binası bulunmaktadır. Okulun, öğrencilerin spor yapmalarına fırsat verecek futbol, basketbol, voleybol sahaları, dinlenmek ve yürüyüş yapmak için bir parkı bulunmaktadır
